Der Geschäftsführer und die ihm unmittelbar unterstellten Führungspositionen bilden gemeinsam die Geschäfts- und damit Unternehmensleitung des Zentrums für Psychiatrie Emmendingen. Zu den Mitgliedern zählen neben dem Geschäftsführer die Direktor*innen der Fachbereiche Medizin, Forensik, Pflege, Heim, Betrieb und Personal. Diese unterstützen und beraten untereinander gleichberechtigt den Geschäftsführer in allen relevanten Angelegenheiten der Unternehmenspolitik, -führung und -entwicklung.
Die im Versorgungsgebiet befindlichen Tageskliniken und gemeindenahen Standorte werden fachgebietsbezogen den jeweils relevanten medizinischen Fachkliniken zugeordnet und vor Ort von einer medizinischen Leitung geführt.
