Der Geschäftsführer und die ihm unmittelbar unterstellten Führungspositionen bilden gemeinsam die Geschäfts- und damit Unternehmensleitung des Zentrums für Psychiatrie Emmendingen. Zu den Mitgliedern zählen neben dem Geschäftsführer die Direktoren der Fachbereiche Medizin, Forensik, Pflege, Heim und Betrieb. Diese unterstützen und beraten untereinander gleichberechtigt den Geschäftsführer in allen relevanten Angelegenheiten der Unternehmenspolitik, -führung und -entwicklung.
Die im Versorgungsgebiet befindlichen Tageskliniken und gemeindenahen Standorte werden fachgebietsbezogen den jeweils relevanten medizinischen Fachkliniken zugeordnet und vor Ort von einer medizinischen Leitung geführt.
