Das ZfP Emmendingen hat sein Geschäftsfeld Krankenhaus in folgende vier Fachabteilungen untergliedert denen jeweils eine ärztliche Leitung vorsteht:
- Klinik für Psychiatrie und Psychotherapie
- Klinik für affektive Erkrankungen und Psychosomatische Medizin
- Klinik für Alterspsychiatrie und Psychotherapie
- Klinik für Suchtmedizin
Für die speziellen Anforderungen des Maßregelvollzugs wurde die Klinik für Forensische Psychiatrie und Psychotherapie, die Patienten nach §63 und § 64 StGB behandelt, eröffnet. Der Geschäftsbereich Maßregelvollzug wird vom Medizinischen Direktor Forensische Psychiatrie geleitet.
Die im Versorgungsgebiet befindlichen Tageskliniken und gemeindenahen Standorte werden fachgebietsbezogen den jeweils relevanten medizinischen Fachabteilungen zugeordnet und vor Ort von einer medizinischen Leitung geführt.
Die Gesamtklink- und damit Unternehmensleitung bilden die Direktoren des Fachbereiches Medizin, Pflege und Betrieb. Diese unterstützen und beraten untereinander gleichberechtigt den Geschäftsführer in allen relevanten Angelegenheiten der Unternehmenspolitik, -führung und – entwicklung.
Über die Zentren für Psychiatrie Emmendingen und Calw hinweg wurden zur vernetzten und strukturellen Optimierung Zentrale Supportbereiche wie beispielsweise der Einkauf, die Informationstechnik oder die Unternehmenskommunikation gebildet, die für beide Kliniken gleichermaßen zuständig sind.